International überzeugt Markus Becker als profilierter Interpret der Klavierliteratur von Bach bis Rihm und als ideenreicher Programmgestalter. Auch als virtuoser Jazz-Improvisator gilt er als Ausnahmeerscheinung unter klassischen Pianisten. Regelmäßig gastiert er beim Klavierfestival Ruhr, Schleswig-Holstein Musik Festival und beim Kissinger Sommer. Markus Becker musizierte mit Orchestern wie den Berliner Philharmonikern, dem RSB Berlin, den Rundfunkorchestern des NDR, WDR und SWR, dem BBC Welsh Orchestra unter Dirigenten wie Claudio Abbado, Howard Griffiths, Michael Sanderling und Thierry Fisher.
Zu seinen Kammermusikpartnern zählen Albrecht Mayer, Nils Mönkemeyer, Adrian Brendel, Igor Levit, Sharon Kam und Alban Gerhardt. Markus Becker studierte bei Karl-Heinz Kämmerling und erhielt wichtige Anregungen durch AlfredBrendel. Seit 1993 ist er Professor an der Hochschule für Musik, Theater und Medien Hannover.
Aufnahmen von Markus Beckers erhielten mehrfach den „ECHO-Klassik“, einen „Preis der Deutschen Schallplattenkritik“ sowie 2019 einen „Opus Klassik“. Neben EMI, Decca, Thorofon und cpo erscheinen sie überwiegend beim englischen Label Hyperion. Als legendär gilt Beckers Gesamteinspielung des Klavierwerks von Max Reger (Thorofon) – eine enzyklopädische, 12 CDs umfassende Großtat. Die Zeitschrift „Fono Forum“ urteilte: „Eine der seltenen wahrhaft großen Leistungen deutscher Pianistik der letzten fünfzig Jahre“.