Der in Rosenheim in Bayern geborene Organist Johannes Berger erhielt seit früher Kindheit Unterricht an diversen Tasteninstrumenten. Bereits im Alter von elf Jahren wurde er in den Kreis der Schüler des Münchner Orgelprofessors Franz Lehrndorfer aufgenommen. Nach dem Abitur studierte er Orgel, Cembalo und Kirchenmusik an der Musikhochschule München. Prägende Lehrer waren dabei Harald Feller und Christine Schornsheim. Er erweiterte seine Studien in Amsterdam bei Jacques van Oortmerssen und in Salzburg bei Reinhard Goebel.
Johannes Berger gewann unter anderem den Orgelwettbewerb "Grand Prix Bach de Lausanne" und wurde dort auch mit dem Publikumspreis ausgezeichnet. Neben einer umfangreichen solistischen Konzerttätigkeit, die ihn zu bedeutenden Instrumenten und Konzertreihen nach Belgien, Frankreich, Österreich, Italien, Schweiz, Slowenien, Spanien und Tschechien und bis nach Peru führte, verbindet ihn eine rege Zusammenarbeit mit Orchestern wie den Münchner Philharmonikern, dem Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, dem Mahler Chamber Orchestra, dem Bayerischen Staatsorchester, dem Münchener Kammerorchester, dem Mozarteumorchester Salzburg und dem Georgischen Kammerorchester. Er spielte unter namhaften Dirigenten wie Mariss Jansons, Bernard Haitink, Kirill Petrenko, Kent Nagano, Teodor Currentzis, Philippe Jordan, Philippe Herreweghe und Gustavo Dudamel in bedeutenden Konzertsälen weltweit.
Seit 2009 ist Johannes Berger Organist und Kustos an der größten Freiluft-Orgel der Welt in Kufstein. Er ist Künstlerischer Leiter und Cembalist des Barockorchesters Concerto München.